公元1999年，一个从宇宙飞来的物体坠落在地球的南亚德里亚岛。为了调查这个谜之物体，各国的科学家组成了联合调查队。这次调查的结果判明这个物体是巨大的宇宙船，而且是战舰。这就意味着宇宙空间不仅仅有智慧生物，而且有着很多个以宇宙空间为舞台进行大规模战争的势力。
各国政府自从知道了这个事实以后，很快开始制定对应政策。最终结果就是在2001年，对于人类来说是第一次尝试的联合政府在2001年成立了。但是，在一些不明事实的人中间产生了对立意识，在世界各地纷纷爆发反抗暴动。这场战争一直持续了7年时间，后来被称为统合战争。
另一方面，对坠落宇宙船的更深入调查也在继续，CODE NAME命名为ASS-1（ALIEN STAR SHIP的略称）。调查结果中包含人类第一次得到的超技术（OVER TECHNOLGY）。联合政府为了未雨绸缪应对未知势力而设立了宇宙军。开展了对这艘坠落战舰的修复、改造，而建造成宇宙军旗舰使用的计划。后来这艘战舰被赋予了SDF-1 MACROSS的名称，以南亚德里亚岛为工厂，修复·改造工作共耗时9年。
公元2009年，修复完成。但是只要升上地球同步轨道测试就能完成的SDF-1 MACROSS突然遇到了麻烦。对抗势力的一个、杰特拉帝ZENTRADI军发现了地球。并派出了侦察舰。MACROSS舰内设置的电脑探测到这个情况后自动开炮击破了侦察舰。MACROSS是另外一个对抗组织－监察军用来对付杰特拉帝军的booby trap（第二次世界大战中德军的一种手段，在已经退却的场所安置炸弹，前来占领的美军因此遭遇死伤），并挂载在军舰上让其坠落地球。
由于这次攻击行为，地球成了杰特拉帝军的攻击目标。而且攻击的中心自然就是MACROSS了。MACROSS的舰长、布鲁洛·J·古罗巴尔察觉到了危机，进行了紧急发进，不过宇宙空间已经被杰特拉帝军所包围，没有出逃的机会。
MACROSS不得已只能回到大气圈内，在地表通过FOLD（超飞跃航行法的一种）脱出地球圈。但是由于这次仓促的FOLD，MACROSS周围的物体也一同被转移到了宇宙空间。在岛上港内停泊的航空母舰普罗米修斯号、强袭登陆舰泰达罗斯号也是其中一部分，没有装备宇宙装备的舰内要员则全员死亡。以后，两舰则作为MACROSS的一部分来使用。
被MACROSS的FOLD卷入其中的还有南亚德里亚岛的多数一般市民，不过由于他们躲入地下掩体避难，所以生存了下来。
但是MACROSS偏离了预定FOLD地点。来到了太阳系边缘的冥王星附近。而且由于对FOLD机关的不当使用，导致FOLD机关从舰内消失了。隐藏起来的MACROSS，开始避开杰特拉帝军的追击向地球回归。另外一方面，在MACROSS舰内收容的一般市民开始在广大的剩余区域建设“街道”。产生了战舰中有着一般市民生活区域存在的奇妙状况。而且，在这些一般市民中间诞生的偶像、林明美，她后来在与杰特拉帝军的战争中成为始料未及的变数和影响。
杰特拉帝军是其他星球上的人类。是由高度技术发展出来的战斗人类。就连达到10M的巨大身躯，也是操纵DNA的结果。但是，出身就作为战斗目的的他们，不知道什么时候连自己的创造主也消灭了。从那以后连目的也失去了的他们，在没有理解到这一点情况下，继续着战争。
但是，在他们的DNA中残留的特殊记忆，对林明美的歌声起了反应。在听到歌声的瞬间，他们会陷入恍惚出神状态。在压倒的战力差面前MACROSS之所以能够抵抗杰特拉帝军，也是这个歌声的力量。

OVA版
太早回答和太迟回答结果如果是一样的话;
那么流逝的时间究竟是什么呢...
年轻如果是盲目的话;
看不见的人，又是什么呢...
疑惑着并生存着的时代;
那里总有青春的气息!

86年11月5日/87年1月10日
1小时/55分
BANDAI VISIAL

公元1999年，突然从宇宙飞来一个全长达到2000米，巨大的宇宙战舰。远远超过人类所掌握的技术。虽然在战舰中并未发现任何的外星人行迹，但是通过这个事件，地球外存在生命体、宇宙会成为战场的斗争是存在的事实终于明了了。
从此开始，地球上的国家跨越厉害关系而设立的地球统合政府，并开始着手对坠落的巨大战舰展开修复。但是，设立统合政府也决不是一个容易的道路。
激烈的局部战争在世界各地反复展开。但是，在这段时间内，战舰的修复也在不断的进行中。
终于，漫长而艰苦的统合战争结束了，地球又恢复了和平。而且，外星人的坠落船终于在人类的手中复活为巨大战舰MACROSS。
自从坠落之日起，已经经过了十年的岁月，然后，命运的幕布终于拉开......