第一话
Booby Trap
陷阱
公元1999年，全长1200米的巨大宇宙战舰落到了地球上。
从这艘远远超越人类科技的战舰上，人类知道了地球以外还有生命体存在，宇宙中正发生着战争的事实。超越国家间的厉害关系而树立了地球统合政府，开始通过这艘战舰的修复和吸收的技术来开发兵器。接下来，10年后，坠落的巨大战舰作为MACROSS而复苏了。
在发进日当天，受到前辈福卡少佐邀请的测试驾驶员一条辉，正坐在最新型战斗机VALKYRIE VF-1D的驾驶舱内。
那一天，月球轨道上出现了谜之大宇宙舰队。他们是在10光年之外探测到了监察军战舰的FOLD光，追踪而来的杰特拉帝军。而且，MACROSS的主炮对此作出了反应，开始自主制动，并开火。MACROSS其实是监察军撤退时留下的陷阱（BOOBY TRAP）。
光束削掉岛的一部分伸向宇宙，击破了那艘侦察舰。这样一来，地球军与杰特拉帝军的一战也在所难免了。
杰特拉帝军发动了战斗。福卡则驱动着爱机VF-1S进行作战。辉则睡在VF-1D的驾驶舱内。突然通信机内一个女性的声音命令他离陆起飞。辉在搞不清楚状况的情况下，发动了VF-1D。
刚刚攀上云海的辉，发现那里已经成了战场。光芒在闪耀，其中无数人的生命已然消逝。辉不禁愕然，正在此时，他遭到了敌人光束炮的攻击，VF-1D朝地表坠落下去。通过未沙通信的指导，VF-1D变形为PILOT形态无事降落岛地表，然而......

第二话
Count Down
倒数
杰特拉帝军，向海面降下了作为第二波次攻击的战斗POT队，包围了岛屿。
MACROSS推进派的代表人物强迫库罗巴尔船长立刻升空，为政治家们交涉赢得时间。舰长只能答应发进。
在这个时候，辉受到中华料理店少女林明美的鼓励，再次启动了VF的变形系统。正在这时开来了一部避难民卡车，辉在避让它的时候失去了平衡，VF倒在了明美的房子上并将其破坏了。
另一方面，MACROSS进入了浮上状态，长达1200米的巨体终于开始徐徐上升。正在这个时候，伴随着巨大的声音，重力制御系统一个个冲破加班飞向了天空，MACROSS也重新坠落到了地上。
福卡在击退了第一波空战队后，来指导辉将VF变形为GERWALK形态，终于辉也稍微能够掌握了。就在这时，敌人的第二波攻击开始了。从卫星轨道上开炮并派遣战斗POD、REGULT队进行上陆战。不久岛上就被战火笼罩。辉他们担心向SHUTTER处避难的明美他们的安危而追了上去。却意外的碰上了忘记东西回家去取的明美，她正在被REGULT袭击。千钧一发的时候，辉救了明美。福卡则掩护他们俩撤退而展开战斗。辉带着明美逃跑，却遭到攻击而不得不上升，不过VF握着明美的手却被击中而损坏。辉在空中将明美收容到驾驶舱内，不过在落到地面的辉面前又出现了REGULT。辉下意识的开枪射击，被破坏的REGULT中走出士兵，那是10米高的巨人。
辉他们终于赶上MACROSS并飞向宇宙。

第三话
Space Fold
宇宙折叠
在战火中被福卡救助的辉和明美，事与愿违的来到了地球舰队的LANDING POINT，被MACROSS所收容。在MACROSS舰内，果然发现了被福卡收容，辉的FANLASER，他一下子就摆脱了阴影高兴了起来。
杰特拉帝军开始将攻击目标偏离MACROSS、开始向集结的地球舰队发动攻击。在从卫星轨道上来的猛烈攻击面前，一瞬间地球军就被击沉了3艘大型舰只。面临这样的情况，古罗巴尔舰长、在舰体着陆到岛上的时候，决定立刻进行空间转移。这个FOLD SYSTEM，是MACROSS初次装备的异星人系统，甚至没有进行过测试。操纵员们都表示反对，但是虽然风险很大，不过为了能转移敌人的视线，不得不这么做。
没有听到舰内广播脱出准备的辉，在不知道MACROSS要进行FOLD的情况下，和明美一起乘坐飞机飞出了MACROSS。在一瞬间，以MACROSS为中心形成了巨大的球形空间。那里内部时空发生歪斜、发出异样的光芒，MACROSS和那个空间一同消失了。
MACROSS的巨体再次出现的地方，并不是目标地月球背面，而是完全不同的宇宙空间。而且不仅仅是MACROSS，岛和周围的海洋都一同被转移。飞出MACROSS之外、辉和明美的LASER，也不例外。辉在宇宙空间中巧妙的使用了火箭推进而接近MACROSS。并成功通过在战斗中在壁上打开的洞口进入MACROSS。
与此同时，舰桥上则是一片沉闷的氛围。已经判明现在的位置在冥王星轨道上。而且，FOLD SYSTEM也消失了......

第四话
Lynn Minmay
林明美
九死一生的辉和明美，立刻向着舰桥的方向走。但是，那一天的结果就只是破坏了一根水管确保水源而已，没有找到出口。就是这样，明美还是就着水管的漏水洗澡，天真无邪的很开心。
第二天，辉一边制作地图一边继续找出口，明美则天天利用镭射在帐篷里面温好食物等辉回来。但是仍旧找不到出口。而且食物也渐渐快见底了。在食物吃完的那一天，辉放弃了找寻出口，决定从AIR BLOCK出去到宇宙空间寻求帮助。但是，去向AIR BLOCK的二人，发现了一条漂浮在宇宙空间巨大的鱼，临时改变了计划，虽然拿到了鱼，却被AIR BLOCK一切为二，入手的只有头而已。而且宇宙服也损坏了，不能再去宇宙了。到这一天为止，已经被关进这里12天了。
二人平躺下疲惫的身体，开始互相诉说各自的梦想，突然明美发现鱼头上聚集的老鼠、突然联想到他们自己，感到很绝望。说『在死前想做一次新娘，穿一次新娘的衣服』。辉则回答『不如我们来一次结婚仪式吧』。尔后辉用手帕做成指环套在明美伸出的手指上。下一个瞬间，明美的表情变了，对辉说不如我们一起死吧。在辉的怀中，明美的眼睛被泪水打湿了。明美必上眼睛，二人的脸越来越近。正在这个时候，伴随着巨大的声响，天花板崩落了。
互相抱着，惊奇的抬头往上看的二人，被上面街上的人帮助而脱险。在上面的，是在战舰内部，却有着岛上那样规模的街市，明美非常高兴。辉对她的变化只能呆然以对。

第五话
Trans Formation
变形
收容在MACROSS舰内，过着绝望日子的人们，也逐渐开始平静下来在舰内的街道上过起日常生活来。
很快就适应了舰内生活的明美，为了鼓励由于突然降临的宇宙流浪生活而消沉的叔父母，提议重新建设中华料理店“娘娘”。另外，在娘娘寄居的辉，在听到明美被食客问及自己与明美的关系时，明美回答『只是普通的朋友』后，变得越来越意气消沉。
另外一方面，与MACROSS的技师长谈话后的古罗巴尔表情严肃。因为FOLD SYSTEM消灭，主炮也不能射击了。想要它能射击的唯一方法是进行变形。如果进行变形的话，好不容易稳定下来的街市又要引起混乱了。
看着由于自己爱机变成废铁而倍感失落的辉，福卡故意让他看到VF的勇姿，并劝他参军，但是辉并没有参军的意思。而且对于这个，他更在意明美的事情。
杰特拉帝军的布利达司令，得知地球人是微小人种，听从古老的命令暂停攻击地球，开始只以MACROSS为目标进行攻击。MACROSS进行了拼死的攻防战，各个BLOCK被逐一击破。古罗巴尔舰长也终于下定决心进行变形。MACROSS的巨体还是徐徐变形为人型，由于这个变形，舰内的各处也遭到很大破坏。正在公园内的辉和明美也由于突然裂开的大地而差点遭到危险。
变形为强攻型的MACROSS舰主炮开始轰鸣。一击就将敌人的先遣舰队一瞬间葬去。
辉也由于这个事件，下定决心参军。

第六话
Daidalos Attack
泰达洛斯攻击
在进入军队的第一个休假日，与明美一个月没有见面的辉，正想去“娘娘”料理大吃一顿。却还没有开吃就被福卡以出击命令叫了回去。
另一方面，MACROSS突入了土星区域。古罗巴尔舰长决定进行奇袭作战。知道了初阵就是决死的奇袭，辉把明美叫出来做最后的道别。并不知晓的明美，只是说了几句随便的鼓励话就匆匆回家了。
经历了一个不眠之夜后，辉和福卡一起出击去了战斗宇域。敌人是按照布利达的命令企图捕获MACROSS的赞丽亚舰队。配备了新防御系统PIN·POINT·BARRIER（PPV）的MACROSS，由VF队引诱敌人进入主炮的轴线后一气消灭敌人。但是到了关键时刻，由于接续了PPV的原因，MACROSS的主炮不能发射了。
失去了杀手锏的MACROSS，面对敌人的导弹攻击虽然用PPV进行了必死的防御，被击破也只是时间问题。古罗巴尔也无奈说『到此为止了么......』而要放弃的时候，未沙的脑海中突然浮现出一个新的作战方法。
未沙将PPV集中到右腕的DAIDALOS舰的舰首。然后迎面击向敌舰。Daidalos Attack！！闪光的舰首击穿了敌舰的装甲，已经配置在舰首的Destroid队一气炮击。
在战斗中，偶然进入敌舰的辉遇到了巨人兵。一瞬间敌人胆怯了，辉则乘着Daidalos Attack把敌舰变成一片火海的时候逃出了敌舰。
陷入危机的MACROSS奇袭作战由于未沙的原因发生了转机而胜利了。对没有料到的失利惊呆了的布利达，决定要求派遣增援部队。