在宇宙战以及VF能从空战转变为低空作战的考量之下，统合军设计出大气圈内外两用飞弹构造。在目标锁定上也能够对空中、地面的目标锁定，跨越了对空、对地的藩篱。

　　在宇宙中飞弹在造型上没有空气阻力的考虑，所以除了圆形以外也有便于整备用的多面体造型。主要在飞弹前端增加了姿势制御喷嘴，让飞弹在宇宙中能够顺利的转向。而大气圈内，弹尾有安定翼设计的飞弹其安定翼在发射前呈收纳状态节省空间，在大气圈内发射之后再伸出控制弹体转向。

运用分类

舰用型飞弹

　战舰使用固定式的飞弹发射器或是可伸缩式的飞弹发射器发射各式对舰、对空飞弹，来攻击敌军舰队或抵御舰载机。大型飞弹用的固定式发射器口径甚至可以容纳使用大气圈突入荚舱的ＶＦ。

机用型飞弹

　种类繁多。由Micro Missile到长程飞弹，每种分类又有数种不同之造型。主要分为内建与外挂两种。

弹头分类

　一般使用的弹头有高爆弹、穿甲弹、多弹头的大型分裂弹以及第一次宇宙大战后受限使用的反应弹。此外也有无杀伤力的震撼弹（能够瘫痪机体行动一段时间）、烟雾弹、镇暴用的催泪瓦斯弹、灭火用的灭火弹等等。视任务情况而装备不同的弹头。

类型分类

微型飞弹 / Micro Missile

　微型飞弹体积小、机动性高，但是射程，主要在近距离作战时攻击用。可以用集束方式挂在一个挂载点（Hard Point）上，或内建于机体中。根据机身上不同的飞弹发射器也有不同外型种类的Micro Missile设计出现。

　UUM-7微型飞弹荚舱，以宇宙运用为主，在造型上并没有流线型设计。内含Bifors HMM-01微型飞弹，可朝前方发射十枚、朝后方发射五枚。

UMM-1 规格
全长：260cm／直径：90cm

HMM-01 规格
全长：85cm（估计值）／直径：36cm

中程飞弹

　中程飞弹用于中距离、长距离战斗上。通常以三个飞弹为单位装置在挂载点上。中程飞弹的运用近似于现实中的中、短程飞弹。 　AMM-1导向飞弹，为VF-1对空攻击标准配备。

AMM-1 规格
全长：254cm／直径：29cm

对舰用飞弹

　对舰用飞弹是统合军机体能搭载的飞弹中最具威力的飞弹，用于对舰队用或歼灭敌军编队。通常在大型战役发生时使用。

　RMS-1反应弹，是对舰用飞弹中的代表性飞弹。RMS-1反应弹以宇宙运用为主，在造型上没有流线型设计。剧场版『可曾记得爱』中统合军即以反应弹来作视距外攻击。

RMS-1 规格
全长：365cm／直径：83cm

高机动型飞弹

　除了以上的分类之外，还有新开发的高机动型飞弹。高机动型飞弹主要提升飞弹的机动性，与命中率。 　高机动型飞弹属于等级上的分类，各型飞弹都有高机动型等级。超新星计画中无人靶机上挂载着近十公尺公尺长的高机动型中程飞弹。